En asamblea organizada por la Asociación Deportiva de Fútbol Profesional de Segunda División con los presidentes de todos los clubes asociados, quedaron definidos los principales lineamientos que regirán el campeonato de la Segunda Profesional 2016.
El primer cambio destacado es que este año cada escuadra alineará obligatoriamente 2 jugadores sub 20 durante los 90 minutos de cada partido. Del mismo modo, las bases del torneo exigirán que en cada partido el once inicial de las escuadras incluya un máximo de 5 jugadores de 25 años o más, aunque luego podrían realizarse los cambios sin considerar las edades de los reemplazantes.
Lo que aún no ha quedado confirmado es el número de equipos que participará en el torneo, aunque se tiene previsto completar 16 escuadras. Del mismo modo, aunque la fecha de inicio de la Segunda Profesional no fue oficializada, se da por seguro que el inicio del campeonato será el 16 de abril.