Mediante Resolución 005-FPF-2016, la Federación Peruana de Fútbol establece las normas que se aplicarán al torneo de la Segunda Profesional y que son las siguientes:
- Fin del sistema de Licencias Temporales. Ahora tienen calidad de asociados Sport Victoria, Willy Serrato, Carlos A. Mannucci y los ya ascendidos Municipal y Comerciantes Unidos.
- El campeonato 2016 será con 16 clubes
- Si el subcampeón de la Copa Perú se niega a participar en la Segunda Profesional, quedará inhabilitado un año
- Si se requiere completar 16 clubes, se elegirán a los equipos que ocupen del puesto 3 al 16 en la Copa Perú, respetando el orden de mérito y condicionado al cumplimiento de los requisitos establecidos y al aporte de US$ 200 mil pagaderos en tres años.
- La Segunda Profesional se iniciará en abril y terminará en noviembre.
- Los equipos alinearán obligatoriamente a 4 jugadores Sub 25.
- Se deberá cumplir con una bolsa de 675 minutos que deben acumularse con jugadores categoría 97 (Sub 19).
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