Luego del injusto descenso de 1968, Mannucci retorna a la Copa Perú para luchar por su retorno. El sistema permaneció siendo una eliminatoria por zonas a nivel nacional, que culminaba con la gran final que se realizaba entre los 6 mejores equipos en encuentros jugados «todos contra todos» en el Estadio Nacional.
Luego de revalidar contra el campeón de la Etapa Regional – Norte «B», el tradicional rival Alfonso Ugarte de Chiclín, lo eliminó y llegó nuevamente para imponer condiciones en la finalísima de la Copa Perú en Lima.
GRAN FINAL 1969
La gran final que se realizaba entre los 6 mejores equipos en encuentros jugados «todos contra todos» en el Estadio Nacional.
En la Finalísima de la Copa Perú 1969 compitieron por el título:
- Carlos A. Mannucci (Trujillo, La Libertad)
- Colegio Nacional (Iquitos, Loreto)
- Melgar Foot-Ball Club (Arequipa, Arequipa)
- Salesianos (Puno, Puno)
- San Lorenzo (Chiclayo, Lambayeque)
- Unión Ocopilla (Huancayo, Junín)
RESULTADOS GRAN FINAL 1969
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Fecha 1 (27 de abril):
San Lorenzo – Salesianos
Melgar FBC – Unión Ocopilla
Carlos A. Mannucci – Colegio Nacional de Iquitos
Fecha 2 (1 de Mayo):
Carlos A. Mannucci – Salesianos
Unión Ocopilla – San Lorenzo
Melgar FBC – Colegio Nacional de Iquitos
Fecha 3 (4 de Mayo):
Salesianos – Colegio Nacional de Iquitos
Melgar FBC – San Lorenzo
Carlos A. Mannucci – Unión Ocopilla
Fecha 4 (7 de Mayo):
Unión Ocopilla – Colegio Nacional de Iquitos
Melgar FBC – Salesianos
Carlos A. Mannucci – San Lorenzo
Fecha 5 (11 de Mayo):
Salesianos – Unión Ocopilla
San Lorenzo – Colegio Nacional de Iquitos
Carlos A. Mannucci – Melgar FBC
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2-0
3-0
4-1
8-0
2-1
1-0
0-4
1-0
1-0
2-2
2-0
3-1
4-1
2-0
2-0
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TABLA FINAL 1969
| PJ | PG | PE | PP | GF | GC | Pts | |
| 1. Carlos A. Mannucci | 5 | 5 | 0 | 0 | 18 | 2 | 10 |
| 2. Melgar FBC | 5 | 4 | 0 | 1 | 7 | 2 | 8 |
| 3. San Lorenzo | 5 | 2 | 0 | 3 | 6 | 6 | 4 |
| 4. Colegio Nacional | 5 | 1 | 1 | 3 | 7 | 9 | 3 |
| 5. Unión Ocopilla | 5 | 1 | 1 | 3 | 5 | 11 | 3 |
| 6. Salesianos | 5 | 1 | 0 | 4 | 4 | 17 | 2 |
EL EQUIPO CAMPEÓN COPA PERÚ 1969
El equipo titular estuvo conformado por José Vargas en el arco, la defensa con Oscar Villalobos y Céspedes como centrales junto a Rivas y Cervera de marcapuntas; el mediocampo con Cossio y Quintos en la contensión y el uruguayo García como generador de fútbol, para habilitar a los veloces Herrera, Zevallos y Quipuzco en la delantera, todos ellos dirigidos por el paraguayo Miguel Ortega.
- El goleador de la Gran final fue el Mannuccista Oscar Herrera con 6 goles.
- El golero José Vargas fue el menos batido y el 8-0 sobre Salesianos fue la goleada más abultada de la Gran Final de la Copa Perú.
- El último encuentro de la Gran final de la Copa Perú enfrentó al Carlos A. Mannucci y el Melgar FBC. Ambos cuadros llegaban invictos y en igualdad de puntaje. Mannucci venció por 2 goles a 0, con anotaciones del «Pique» Zevallos y el uruguayo Jorge García al portero arequipeño Eloy Martín.